Français d’origine ivoirienne, Djibril Cissé naît à Arles où son père Mangue, footballeur et capitaine de l’équipe de Côte d’Ivoire, s’est installé pour poursuivre sa carrière professionnelle. Le petit Djibril connaît une enfance heureuse jusqu’à la séparation de ses parents. Son paternel rentre au pays mais sa mère, Karidjata, décide rester en France pour élever ses enfants.
La famille Cissé quitte donc sa villa pour une cité HLM d’Arles où Djib s’initie au football de quartier. Il intègre rapidement les équipes de jeunes du club local. Avec les poussins, déjà , sa pointe de vitesse saute aux yeux des observateurs, et à 11 ans il rejoint le centre de formation du Nîmes Olympique. En avance sur sa classe d’âge, Cissé est repéré par les détecteurs de l’AJ Auxerre et s’en va poursuivre, à 14ans, sa formation en Bourgogne.
Les filets ne cessent de trembler et Djibril remporte la Coupe Gambardella, version junior de la Coupe de France, en 1999. Parallèlement, le jeune attaquant fait ses débuts en première division, puis remporte le Champion d’Europe des 18 ans en 2000. Deux semaines plus tard, il inscrit son premier but en Ligue 1.
Début 2001, le titulaire au poste, Stéphane Guivarch, se blesse et Cissé se voit propulser dans le onze de l’AJA qu’il ne le quittera plus. Dès la saison suivante, sa moyenne de buts explose et Djibril décroche son premier titre de meilleur buteur (ex-æquo avec Pauleta) avec 22 réalisations. L’équipe de France lui ouvre ses portes en mai 2002 et la fusée bourguignonne prend son envol.